4.1:
- Nova aparência do personagem Ermac.
- Adicionados vários efeitos sonoros que faltavam nos personagens.
- Melhoras em Johnny Cage, como nova defesa e pose de vitória.
- Novo golpe de Shan Tsung: Air Kick.
- Novas falas para Hydro e Human Smoke.
- Novo fatality para Kano: Heart Rip (arrancar o coração).
- Novo fatality para Scorpion: Toasty (cuspir fogo).
- Equilibrada a estatura de Jax em relação aos outros personagens.
- Novo personagem: Motaro.
- Adicionados mais três cenários.
- Ajuste nas cores do golpe Lightning de Rain.
- Nova pose de defesa e vitória de Noob Saibot.
- Mudanças nas imagens de versus de Sonya, Sheeva, Sindel e Jade.
- 3 novas músicas.
- Correção nas caixas de colisão (antes da luta).
- Corrigido o Dead Trap no cenário Prision Bridge.
- Corrigido o tempo em alguns combos.
- Uppercuts (ganchos) de vários personagens alterados.
4.0:
- 2 personagens novos (Jax e Nightwolf) somando 30 no total.
- Adicionados três cenários.
- Transformação a engine do Mugen de 62 FPS para 53 FPS para equipar-se ao sistema do fliperama.
- Reajuste do tempo dos movimentos básicos, poderes e personagens ao sistema supracitado.
- Raiden totalmente refeito graficamente.
- Reprogramação dos poderes de Raiden.
- Kung Lao refeito graficamente.
- Programada a sombra durante o Hat Toss de Kung Lao.
- Reparado o Drop Kick de Kung Lao.
- Programados os combos de Sub-Zero.
- Programados todos os poderes de Sheeva.
- Agregado um poder novo para Sheeva.
- O agarrão de Sheeva foi programado.
- Reparada a sombra do Glow Kick de Jade.
- Jade ganhou um novo poder e um novo fatality.
- Mudanças em Ermac: reprogramado o Teleport, e adição de um novo poder e do golpe de agarrar.
- Reprogramação nos poderes de Baraka e novos sprites de animação.
- Novos sprites de animação em Cage.
- Reprogramados os comandos dos golpes Low Ball e High Ball de Cage.
- Reprogramados os comandos dos golpes Low Grenade e High Grenade de Stryker.
- Novo golpe para Stryker: Harakiri.
- Golpe Ground Blade de Kabal reprogramado.
- Golpes de Sonya reprogramados: Upward Bike Kick e Square Wave Pinch.
- Golpes de Liu Kang reprogramados: Bike Kick, Fireball e Air Fireball.
- Novo golpe para Liu Kang: Red Bike Kick.
- Reparos no Lightning e no agarrão de Rain.
- Reprogramados o Chake e Air Throw de Kano.
- Melhoras em Reptile: programação do Run and Elbow, ajustes no Fatality 1 e no agarrão.
- Melhoras em Cyber Smoke: programado o Animality e reparos no Air Throw.
- Reprogramado o Square Wave Punch de Kitana.
- Reprogramado o golpe Scream de Sindel: agora ele também funciona em combos.
- Programado o golpe de agarrar de Scorpion, Classic Sub-Zero e de Noob Saibot.
- Adicionados: Animality de Sektor e Fatality 1 de Jax.
- Nova animação de uppercut (gancho) do Classic Sub-Zero.
- Adição dos sistemas de Mercy, Animality, Friendship e Harakiri.
- Implementado sistema de Run (corrida).
- Restrição de agarrões nos chefões.
- A grande maioria dos bugs foi consertada.